Сначала отправитель создает документ, а затем ставит электронную подпись на нем. Далее созданный документ будет отправляться по защитным канал связи при помощи особого программного обеспечения. Затем документ принимает получатель, ставит на нем свою электронную подпись, а отправитель, в свою очередь, должен получить уведомление о том, что документ был подписан получателем. Электронная подпись считается эквивалентом рукописной подписи, при помощи которого, подтверждается авторство электронного документа.

Для того, чтобы документ имел юридическую силу, также, как и бумажный документ, его должны подписывать электронной подписью. Обмениваться можно будет любыми первичными документами: счет-фактурами, разными договорами, актами выполненных работ и многое другое.  Электронный документооборот бывает внутренним, это означает, что документы можно передавать в пределах одной организации, а также внешним - когда документы будут передаваться между несколькими организациями.  Существует несколько этапов обмена документами между организаций: формирование документа; подписание документа электронной подписью и отправка его получателю; подписание документа получателем и получение уведомления о подписании документа.